داستان در دنیایی روایت میشود که نینجاها پس از نابودی امپراتوریهای قدیمی، در جوامع مدرن پراکنده شدهاند. برای حفظ میراث نینجوتسو، سازمان WNA (آکادمی جهانی نینجا) اختراعی به نام «آدامس نینجا» (Ninja Gum) را تولید کرده است. این آدامس به افرادی که دارای ژن نینجا هستند اجازه میدهد تا قدرتهای پنهان خود (شینوبی) را بیدار کنند و سلاحهای قدرتمندی از حباب بسازند. شخصیتهای اصلی، گروهی از کودکان مستعد هستند که در مسابقات نینجالا شرکت میکنند، اما به زودی متوجه توطئهای تاریک میشوند که امنیت جهان را تهدید میکند.