در کشور ساختگی آمستریس، به دو برادر جوان، ادوارد و آلفونس الریک، موهبت کیمیاگری اعطا شده است - توانایی ماوراء طبیعی برای تبدیل ماده. پس از مرگ مادرشان بر اثر بیماری قبل از اینکه بفهمند چگونه از مهارت‌های کیمیاگری خود استفاده کنند، این یک بار سنگین می‌شود. ادوارد پای چپ خود را از دست می دهد و تمام بدن آلفونس قابل استفاده نیست. پسران بدشکلی‌های خود را با اندام مصنوعی جایگزین می‌کنند و در حالی که به دنبال سنگ فلسفی افسانه‌ای هستند تا خود را درمان کنند، تبدیل به کیمیاگر تمام فلزی می‌شوند.
