داستان فیلم در سال ۱۳۶۰ و در فضای پرآشوب پس از برکناری ابوالحسن بنیصدر از ریاستجمهوری میگذرد. در این دوران، کشور با موجی از ترورهای مقامات ارشد توسط سازمان مجاهدین خلق روبروست. در این شرایط بحرانی، نهادهای امنیتی (اطلاعات سپاه و وزارت اطلاعات) با هدف شناسایی و دستگیری اعضای این سازمان، وارد عملیاتهای پیچیدهی اطلاعاتی میشوند. در میان این تعقیب و گریزهای ساختاریافته، داستان روی یک گره دراماتیک تمرکز میکند: رابطهی عاطفی و چالشهای بین یکی از نیروهای سپاه و دختری که از اعضای سازمان است و این دو در گذشته (دوران دانشگاه) با یکدیگر همکلاسی بودهاند. «ماجرای نیمروز» با سبکِ مستندگونهی مهدویان (استفاده از دوربین روی دست و فضاسازی واقعگرایانه)، مخاطب را به دلِ ناامنیهای سال ۶۰ میبرد و تلاش دستگاههای امنیتی برای برقراری نظم در آن سالهای پرالتهاب را به تصویر میکشد.