در راه بازگشت از مدرسه، کونوها کوگا ساتوکو کوساگاکوره را نجات می‌دهد؛ نینجایی که از دهکده‌اش گریخته و حالا تعقیب‌کنندگانش در پی او هستند. کونوها با مهارت از پس آن‌ها برمی‌آید و روشن می‌شود که این دانش‌آموز دبیرستانیِ بی‌ادعا در واقع یک قاتل است. این برخورد، آغاز زندگی مشترک بالقوه‌ی نینجا و قاتلی است که باید با پیامدهای فرار ساتوکو از دهکده روبه‌رو شوند.
