انیمه شهر اشباح داستان دختری به نام چیهیرو است که با خانواده‌اش به یک تفرجگاه متروک در منطقه روستایی می‌روند. چیهیرو به طور اتفاقی به دنیای جادویی و مرموزی وارد می‌شود که توسط ارواح و موجودات خیالی اداره می‌شود. او تلاش می‌کند تا به همراه دوستانی که در این دنیا پیدا می‌کند، به دنیای واقعی بازگردد.
