"بی خوابی بعد از مدرسه" داستان دانش‌آموز دبیرستانی به نام گانتا ناکامی است که اغلب شب‌ها مشکل در خوابیدن دارد. به همین دلیل، او در مدرسه عصبی است و همیشه به دنبال یک مکان دور افتاده برای خوابیدن است. از سوی دیگر، ایساکی ماگاری دختری آزاد است که توسط دوستانش محبوب است، اما هیچ کس از اختلال خوابش آگاه نیست. وقتی نیاز به خواب دارد، از اتاق شناسایی شده دانشگاه که کلاس آسمان شناسی را دربر می‌گیرد، به عنوان مکان مخفی برای خوابیدن استفاده می‌کند. به نحوی سرنوشت، ناکامی را در آسمان‌شناسی می‌یابد. وقتی ماگاری می‌فهمد که او و ناکامی چیزی مشترک دارند، به عنوان هم‌خواب اسرارآمیزش پیشنهاد می‌دهد با هم بخوابند.
