فیلم اسرار قلب، در دهه 1960 در اسپانیا می گذرد و درباره جاوی 9 ساله و دوستش کارلوس است که هر دو مجذوب یک خانه خالی در روستای خود هستند و از آن می ترسند. برادر بزرگتر جاوی اصرار دارد که یک بار جنایتی در آنجا اتفاق افتاده و گاهی صداهای وهم انگیزی از این خانه مرموز به گوش می رسد. این رمز و راز جاوی را مجذوب خود می کند، به خصوص که به نظر می رسد با مرگ پدرش مرتبط است. پدرش قبل از مرگ با زنی مرموز در آنجا ملاقات می کرد و یک روز جسدش در اتاقی پیدا شد که حالا درش بسته است. جاوی با بازگشت به خانه کوهستانی متروکه، اتاق قفل شده دیگری را پیدا می کند که اسراری را در خود دارد. همانطور که او مشغول تحقیق است، اسرار بزرگسالان و دروغ های بیشتری را کشف می کند.
