گروهی مرموز از نینجاها به کونوهاگاکوره حمله می‌کنند و آسیب گسترده‌ای به آن می‌زنند؛ حمله‌ای که خطر آغاز دوباره جنگ جهانی شینوبی را پیش می‌کشد. در همین آشوب، ساسوکه که از کونوهاگاکوره گریخته و در پی کشتن برادرش ایتاچی است، بار دیگر در مکانی نامعلوم مقابل ناروتو ظاهر می‌شود. آن دو برای جلوگیری از گسترش درگیری باید با بحرانی روبه‌رو شوند که امنیت کونوهاگاکوره و احتمال وقوع جنگی تازه را تهدید می‌کند.
