در آیندهای دور، زمین به سیارهای مقدس تبدیل شده و بازگشت بشر به آن ممنوع شده است. حکومت گایا با قدرتی مطلق این قانون را اجرا میکند. اما داستان هارلوک: دزدان فضایی از جایی آغاز میشود که کاپیتان هارلوک، فرماندهای افسانهای، با سفینهی اسرارآمیز آرکادیا علیه این رژیم میشورد. او به نماد مقاومت در برابر حکومت تبدیل شده و هدفی دارد که حقیقت آن هنوز برای بسیاری ناشناخته است. در این میان، یاما، یک جوان وفادار به گایا، ماموریت مییابد تا به خدمهی آرکادیا نفوذ کرده و هارلوک را نابود کند. اما با گذشت زمان، او متوجه میشود که دشمن واقعی شاید همان حکومتی باشد که به آن خدمت میکند. در این نبرد میان آزادی و کنترل، تصمیمهای یاما میتواند سرنوشت کهکشان را تغییر دهد.
