داستان پوکمون هورایزنز درباره دختری به نام لیکو است که پوکمون جدیدش، اسپری گاتیتو را دریافت میکند. ماجرا زمانی پیچیده میشود که او با گروهی به نام ولتاژ بالا آشنا میشود و آنها تصمیم میگیرند با هم به دنبال کشف رازهایی درباره جهان پوکمون بروند. در همین حال، پسری به نام روی هم وارد داستان میشود که با پوکمون آتشین، فوکوکو، ماجراجویی خودش را دنبال میکند. اما چیزی که این فصل را از دیگر فصلها متمایز میکند، عدم تمرکز بر نبردهای عادی پوکمون است. در عوض، داستان بیشتر حول کشف رازها و ماجراجوییهای بزرگ شکل میگیرد، جایی که شخصیتها باید با خطرات جدیدی روبرو شوند و درباره تاریخچه عمیق پوکمون اطلاعات بیشتری به دست بیاورند. از همه جذابتر، حضور پوکمونی مرموز به نام تراپاگوس است که سرنخهای مهمی در داستان دارد.
