در میانه جنگ‌های ناپلئونی، جایی که اقیانوس آرام به صحنه‌ای برای تقابل نیروهای دریایی تبدیل شده است، فیلم ناخدا و فرمانده: آخر دنیا داستان کاپیتان جک آبری و خدمه‌اش را روایت می‌کند. آن‌ها ماموریتی دشوار دارند: تعقیب یک کشتی جنگی فرانسوی که تهدیدی جدی برای نیروی دریایی بریتانیا به شمار می‌رود. کاپیتان آبری، با هوشمندی و شجاعت، کشتی بریتانیایی اچ‌ام‌اس سورپرایز را هدایت می‌کند و خدمه‌اش را در مواجهه با خطرات دریا و دشمن به سمت هدف سوق می‌دهد. در این میان، دکتر استیون ماتورین، دوست و همکار آبری، دغدغه‌ای متفاوت دارد: کاوش در طبیعت بکر جزایر گالاپاگوس. ناخدا و فرمانده: آخر دنیا با تلفیقی از نبردهای نفس‌گیر، لحظات تامل‌برانگیز و کاوشی در دل دریاها، سفری به دنیای دریانوردان را رقم می‌زند که در آن، هر موج چالشی تازه است و هر تصمیم می‌تواند سرنوشت همه را تغییر دهد.
