داستان انیمه استثنا دربارهی آینده ای است که در آن انسان ها مجبور به ترک زمین و مهاجرت به کهکشانی دیگر شده اند. در همین حین یک تیم پیشرفته از فضاپیماها به سیاره ای می رسند که قرار است به صورت زمین شکل بگیرد و امکان زندگی انسان ها در آن فراهم شود.