در یک جزیره دورافتاده در دریای کارائیب، فیلم اکشن و رزمی «نینجای آمریکایی 2: رویارویی» ماجرای جو آرمسترانگ و کرتیس جکسون، دو تکاور ارتش آمریکا، را دنبال می‌کند که برای تحقیق درباره ناپدید شدن چند تفنگدار دریایی به منطقه اعزام می‌شوند. جست‌وجوی آن‌ها به ردپای یک تبهکار قدرتمند و شبکه‌ای مخفی می‌رسد که در پشت اتفاقات مرموز جزیره قرار دارد. در جریان تحقیقات، جو و کرتیس با تهدیدی روبه‌رو می‌شوند که پای نینجاهای مرگبار و آزمایش‌های خطرناک را به ماجرا باز می‌کند و آن‌ها را وارد نبردی دشوار می‌سازد. فیلم با ترکیبی از مبارزات تن‌به‌تن، تعقیب‌وگریز و فضای ماجراجویانه، ادامه‌ای مستقیم بر قسمت نخست مجموعه است. «نینجای آمریکایی 2» به کارگردانی سم فرستنبرگ ساخته شده و مایکل دودیکاف و استیو جیمز در نقش‌های اصلی آن حضور دارند.
