داستان فیلم جنگ برای سیاره میمون‌ها در مورد نبرد ارتش میمون‌ها با ارتش انسان‌هاست. سزار و ارتش میمون‌ها در مقابل ارتش انسان‌ها قرار می‌گیرند که به دست یک کلونل بی‌رحم رهبری می‌شود. هنگامی که ارتش میمون‌ها با تلفات سنگین و غیرقابل تصوری مواجه می‌شود؛ سزار بر اساس غریزه، خود را برای یک انتقام‌گیری بزرگ آماده می‌کند. این موضوع سبب می‌شود تا در نهایت او و کلونل در یک نبرد حماسی در مقابل یکدیگر قرار بگیرند؛ نبردی که سرنوشت هر یک از این گونه‌ها به آن بستگی دارد اما...
