هشت ماه پس از پایان جنگ یک‌ساله، کاپیتان مونیکا مأموریتی مخفی را برای فدراسیون زمین آغاز می‌کند و آیو را به‌عنوان خلبان اطلس گاندام به کشتی اسپارتان می‌فرستد. هدف آن‌ها درگیری با اتحادیه دریاهای جنوبی و به‌دست‌آوردن یا نابودکردن داده‌های زاکوی روانی است؛ اطلاعاتی که اکنون در اختیار این اتحادیه قرار دارد. داریل، خلبان زئون که پیش‌تر بر آیو برتری یافته، نیز برای یافتن همین اطلاعات به زمین آمده است. در دریا، میدان‌های یخ و جنگل‌ها، سه نیروی فدراسیون، زئون و اتحادیه برای دستیابی به این داده‌ها با هم می‌جنگند.
