داستان سریال دکتر کارآگاه درباره شیوع یک بیماری عفونی کشنده شبیه ویروس ابولا است که روستای کوچکی را ویران می کند. تیمی از اپیدمیولوژیست ها به رهبری دکتر خونکائو با زمان مسابقه می دهند تا علت پدید آمدن بیماری را بررسی و شیوع آن را مهار کنند.