هر قسمت از این مستند به یکی از موضوعات مرتبط با ایمان و مذهب، مانند معجزات، وحی، زندگی پس از مرگ و... میپردازد. مستند "اسرار ایمان" با سفر به مکانهای مختلف جهان و گفتگو با افرادی از ادیان مختلف، به دنبال درک عمیقتر از باورها و اعتقادات بشری است.