پس از یک بمبگذاری انتحاری توسط داعش در کانزاس سیتی، دولت آمریکا به این نتیجه میرسد که کارتلهای مواد مخدر مکزیکی در قاچاق تروریستها از مرز نقش داشتهاند. داستان سیکاریو: روز سرباز واکنش شدید دولت آمریکا را به تصویر میکشد که به مت گریور، مامور سیا، اختیار تام میدهد تا با اقدامات افراطی، با کارتلها مقابله کند. گریور و وزارت دفاع تصمیم میگیرند بهترین راه، ایجاد جنگ داخلی بین کارتلهای بزرگ است. گریور برای این ماموریت، آلخاندرو گیلیک، مامور مرموز و بیرحم، را دوباره به خدمت میگیرد. نقشهی آنها شامل ترور وکیل کارتل ماتاموروس و سپس ربودن ایزابل ریس، دختر رئیس کارتل رقیب (سونورا)، در یک عملیات پرچم دروغین است تا این آدمربایی به گردن کارتل ماتاموروس بیفتد و آتش جنگ بین آنها شعلهور شود.
