داستان سریال پرچم سرخ در مورد ده سرباز ویژه ارتش ترکیه است که درگیر یک ماجرای بزرگ می‌شوند. کاپیتان این تیم ویژه، علی بنازلی، اطلاعاتی از سوی یک منبع مرموز به نام فرشته سفید دریافت می‌کند. اطلاعاتی که بر اساس آن سران گروه‌های تروریستی در یک جزیره خارجی، نشستی علیه ترکیه خواهند داشت. حالا این گروه از سربازان شجاع و وطن‌پرست قصد دارند تا توطئه‌های دشمن را خنثی کنند که...
