داستان فیلم دعا برای گمشده یا دعا برای ربوده شدگان درباره سه دختر نوجوان است که در روستایی به نام گوئرو در کشور مکزیک زندگی میکنند. این سه دختر در روستا مورد آزار و اذیت جمعی قرار میگیرند و اتفاقات بسیار وحشتناکی برایشان میافتد.