انیمه حرمسرای پایان دنیا، در آینده ای نزدیک در توکیو ژاپن می گذرد و داستان مرد جوانی به نام ریتو را روایت می کند که در انتظار درمان نجات دهنده برای بیماری نادری است که از آن رنج می برد. او در حالت کریوستاز قرار می گیرد و پنج سال بعد، از خواب بیدار می شود. او پس از بیداری در می یابد که در این دوره زمانی، یک ویروس بسیار کشنده و مسری به نام MK ظاهر شده که به طور مرموزی فقط مردان را تحت تاثیر قرار می دهد و باعث مرگ حدود 99.9٪ از جمعیت مردان جهان می شود. در کمال تعجب، ریتو همچنین می‌فهمد که او یکی از پنج مرد ژاپنی است که به نوعی نسبت به ویروس MK مصونیت پیدا کرده و در نتیجه باید در یک برنامه تولید مثل شرکت کند تا پسرهای زیادی به دنیا بیایند و جمعیت جهان دوباره به تعادل برسد.
