داستان درباره مری لنوکس، دختربچهای ده ساله، بداخلاق و تنهاست که پس از مرگ والدینش در اثر زلزلهای در هندوستان، به انگلستان فرستاده میشود تا در عمارت بزرگ و همراه عمویش، لرد کریون، زندگی کند. این عمارت که در میان دشتهای یورکشر قرار دارد، پر از راز و اندوه است. عموی او، مردی گوشهگیر است که پس از مرگ همسرش، خود را در غم حبس کرده است. مری که از سوی همه، به خصوص سر خدمتکار سختگیر، خانم مدلاک، نادیده گرفته میشود، شروع به کاوش در این خانه بزرگ و باغهای اطراف آن میکند. او به زودی از وجود یک باغ مخفی و قفلشده مطلع میشود که ده سال پیش، پس از مرگ خالهاش، در آن بسته شده است. با یافتن کلید و در مخفی، مری وارد دنیایی جادویی و فراموششده میشود. این باغ به پناهگاهی برای او، پسر عموی بیمار و پنهانشدهاش، کالین، و دوست جدیدشان، دیکون، تبدیل میشود و داستانی از شفا، دوستی و بازگشت زندگی به مکانی متروک را رقم میزند.
