داستان انیمیشن راز کلز در قرن نهم ایرلند و در دوران گسترش وایکینگ ها می گذرد و درباره پسر جوان شجاعی به نام برندان است که در کلیسا کارآموزی می‌کند. او با شنیدن صحبت‌های راهبان دیگر درباره آیدان، خالق کتاب آیونا و در مورد روشنگر مرموز و کتابی که تاریکی را به نور و روشنایی تبدیل می‌کند، کنجکاو می‌شود. او به دنبال فرار از کلیسا، در تلاشی خطرناک باید بر عمیق‌ترین ترس‌های خود غلبه نماید که او را به جنگل طلسم شده‌ای هدایت می کند که موجودات افسانه‌ای در آن پنهان شده‌اند.
