انیمه ناتسومه و کتاب دوستان درباره پسری به نام تاکاشی ناتسومه است. او از زمانی که به یاد می آورد، توانایی خاصی برای دیدن و ارتباط با یوکای(ارواح) داشته و این قدرت را از مادربزرگ مرحومش، ریکو، به ارث برده است. تاکاشی به موجب این توانایی، دوستان زیادی در کودکی نداشت، زیرا کودکان هم سن و سالش او را عجیب می‌دانستند. ریکو پس از مرگش در جوانی، کتاب دوستانش را به نوه‌اش وصیت کرد، کتابی که حاوی نام صدها ارواحی بود که او آنها را اسیر کرده و مورد آزار و اذیت قرار داده بود. حال تاکاشی تصمیم می گیرد نام آنها را برگرداند تا بتوانند یک بار دیگر آزاد شوند.
