داستان فیلم "ویل هانتینگ نابغه" در مورد جوان بیست ساله‌ای به همین نام است که به عنوان سرایدار و باغبان در دانشگاه مشهور M.I.T مشغول به کار است. ویل از استعدادی ذاتی در زمینه ریاضیات برخوردار است اما هرگز به توانایی خود اهمیت نداده و آن را پرورش نداده است. همچنین او هیچگاه از استعداد خود در ریاضیات با دیگران صحبت نکرده است. در این میان یکی از پرفسورهای ریاضی این دانشگاه به نام پرفسور جرالد لمبیو از این استعداد ویل هانتینگ باخبر می‌شود...
