در داستان این انیمیشن در سال 6800 قبل از میلاد، یک انفجار غول پیکر یک مگاسونامی را به سمت شهر آتلانتیس فرستاد. ملکه آتلانتیس با پشت سر گذاشتن همسرش پادشاه و دخترشان پرنسس کیدا، با یک کریستال شناور ادغام می شود و یک گنبد محافظ بر فراز داخلی ترین ناحیه شهر ایجاد می کند، زیرا سونامی قاره و شهر را در زیر امواج فرو می برد. 8714 سال بعد، در سال 1914، میلو تاچ، زبان‌شناس و نقشه‌بردار نوپای موسسه اسمیتسونین که به خاطر رویای خود برای یافتن آتلانتیس طرد شد، توسط هلگا سینکلر به میلیونر عجیب و غریب پرستون بی. ویتمور، دوست قدیمی پدربزرگ فقید میلو، تادئوس، معرفی می‌شود.
