داستان فیلم جعبه پرنده بارسلونا در دورانی اتفاق می‌افتد که یک موجود مرموز، جهان را به نابودی کشانده است. هر کسی که این موجود مرموز را ببیند، به دست او کشته می‌شود. در این میان با شخصیتی به نام سباستین مواجه می‌شویم که همراه با دخترش سعی دارد تا از این مهلکه جان سالم به در ببرد. سباستین همراه با دخترش در خیابان‌های بارسلون آواره است. او قصد دارد تا برای نجات جان خود و دخترش به یک پناهگاه امن برسد اما در این مسیر او باید از مشکلات بسیاری عبور کند و از چشم این موجود مرموز پنهان بماند...
