سریال ساندوکان یا سندوکان، در اواسط قرن نوزدهم می گذرد که قبایل بومی دایاک طبق رسوم باستانی خود در بورنئو زندگی میکنند، اما قوانین بیرحمانه امپراتوری بریتانیا در اوج قدرت استعماری آن بر آنها حاکم است. در این میان یک دزد دریایی مالزیایی به نام ساندوکان به همراه دوستش یانز و خدمه شان از جزیره مومپراسم به نیروهای انگلیسی حمله می کند. اما زندگی او پس از ملاقات با ماریان، دختر زیبای کنسول بریتانیا در لابوان، در جریان یک حمله دگرگون می شود. از طرفی شکارچی افسانه ای دزدان دریایی به نام لرد جیمز بروک هم به دنبال آنهاست و برای گرفتن ساندوکان و به دست آوردن قلب ماریان دست از کار نمی کشد.
