فیلم پاک کننده درباره یک مامور عالی رتبه به نام جان کروگر است که به "پاک کن" معروف است و وظیفه حفاظت از شاهدان را در ایالات متحده به عهده دارد. او باید گذشته شاهدان را پاک کرده و با هر کسی که به دنبال آن هاست مقابله کند. جان کروگر در جدیدترین ماموریتش باید از یک افشاگر به نام دکتر لی کالن محافظت کند. دکتر لی شواهدی علیه یک شرکت بزرگ تسلیحاتی دارد که با تبانی عوامل دشمن در داخل کشور، به تروریست‌ها سلاح می‌فروشد. اما این ماموریت برای کروگر خطرات زیادی به دنبال دارد.
